Ambientada en el Japón del siglo XVIII, Los tres secretos del Samurai cuenta la historia de Tomiko, quien, siendo apenas una adolescente, marcha de su casa con el propóito de librar a su hermana pequeña de un matrimonio de conveniencia con un hombre aborrecible.En su camino, la muchacha encuentra a seres mágicos que deciden ayudarla, aunque no a cambio de nada. Para salvar a su hermana, la muchacha decide ponerse a su merced, renunciar a su identidad y convertirse en Susanô, el samurái del dragón. Como guerrero, Tomiko vivirá innumerables aventuras y conocerá a dos hombes que marcarán su destino: el valiente Shuzai y Hanzaburo, el hijo del zorro.